Lai gan jaguāra plankumainais kažoks atgādina leopardu, tomēr tas ir lielāks par leopardu, un tā uzbūve ir līdzīgāka tīģerim. Jaguāram ir ļoti spēcīgs sakodiens, visspēcīgākais starp lielajiem kaķiem, kā arī pastāv uzskats, ka tas ir otrs spēcīgākais sakodiens starp visiem zīdītājiem. Jaguārs spēj pārkost stingro un biezo lielo rāpuļu ādu, bruņurupuču bruņas,[4] un upuru nogalināšanā tas izmanto tikai sev raksturīgu paņēmienu: jaguārs pārkož upura galvaskausu tieši starp ausīm. Jaguāra zobi iecērtas smadzenēs, izdzēšot upura dzīvību. Ir novērots, ka jaguārs spēj pavilkt liellopu, kas sver 360 kg, un jaguāra zobi samaļ jebkādus kaulus. Savvaļā jaguārs medī dzīvniekus, kas sver līdz 300 kg, un upura svars var pārsniegt jaguāra svaru 3 - 4 reizes.

Jaguāra uzbūve ir kompakta, ar labi attīstītiem muskuļiem, kājas proporcionāli paīsas, piemērotas kāpšanai kokos, klintīs un peldēšanai. Jaguāra izmēri var būt ļoti dažādi. Jo tālāk uz dienvidiem, jo jaguāri paliek lielāki. Mazākie ir Meksikas jaguāri, bet lielākie ir Brazīlijas jaguāri. Kā arī mežos dzīvojošie jaguāri ir mazāki un tumšāki par tiem, kas dzīvo atklātās vietās. Jaguāra svars variē 56 - 96 kg. Lielākais datētais tēviņš ir svēris 159 kg, bet mazākais 36 kg. Mātītes vidēji ir 10 - 20% mazākas par tēviņiem. Ķermeņa garums variē no 162 - 183 cm, astes garums apmēram 75 cm, augstums skaustā 67 - 76 cm.